废水经一级或二级数据处理后，水质可以改善，细菌的含量也大幅度增加减少，但其绝对值仍很可观，并有能力存在一些病原菌的可能。因此，废水排入水体前应进行使用杀菌剂消毒方法处理。
    目前众所周知，氯化消毒会产生有害物质，影响人体健康。这是因为氯与水中的有机物发生反应，具有氧化和取代作用。氧化可以促进有机物的去除，而取代是氯和有机物的结合，形成具有诱变或致癌活性的卤化物。三卤甲烷（THMS）在美国的高浓度为100微克/升，在德国、加拿大和日本分别为25微克/升、350微克/升和100微克/升，1985年《饮用水卫生标准》中氯仿的上限为60微克/升。鉴于此，第一步是控制废水消毒的适当剂量，第二步是改用其他消毒剂，如二氧化氯、臭氧、紫外线等，以减少有害物质的产生。
    常用的杀菌剂有次氯酸盐、二氧化氯（.）臭氧，紫外线辐射等。次氯酸消毒剂有液氯、漂白粉、漂白粉精、氯片、次氯酸钠等形式，主要通过 hocl 起杀菌消毒。次氯酸盐杀微生物剂的弱点在于，它们容易在水中形成含有有机物的氯化碳氢化合物，而有机物已被确定为对人体健康极为有害，而且处理过的水有一些令人不快的气味。次氯酸盐粉尘和释放的氯气对人体的唿吸道、眼睛和皮肤都有很强的刺激作用，如果杀菌剂意外溅到眼睛或皮肤上，要立即用大量清水洗净。贮存环境应阴凉、通风、干燥，远离热源和火源，不能与有机物、酸和还原剂混合，在运输杀菌剂过程中防止和日光雨露，杀菌剂装卸作用应轻，避免碰撞和滚动。